Как добавить из дистрибутива то, что вы не поставили в процессе инсталляции системы?

Ну, основные бинарники и конфиги у вас уже стоят. В том числе и ненужные :-).
При инсталляции можно отказатся от установки исходных текстов (src), системы X-Window, игрушек (games), и различной документации (manpages, doc, info, dict).

Кроме того, существует большое колличество дополнительных программ в виде пакетов (packages) и портов (ports). Но о них разговор отдельный. Смотри:
Установка "пакетов" (packages).
Установка "портов" (ports).

Итак. Добавление из дистрибутива ...

1. С помощью программы sysinstall.
Это самый легкий способ. Но...
Sysinstall все еще в процессе совершенствования :-), и я не уверен, что эти рекомендации подойдут к любой версии. Кроме того, ему не хватает гибкости.

Поэтому, предлагаю еще один, несколько более трудоемкий, но надежный и гибкий способ...
2. Установка "вручную".